새롭게 상급종합병원에 진입한 기관은 건국대학교병원, 고려대학교 안산병원, 화순전남대병원이다. 기존 상급종합병원 중 서울백병원은 신청하지 않았고 인제대학교 일산백병원과 을지대학병원이 탈락해 기관수는 2008년과 동일하게 44개가 유지됐다.
상급종합병원으로 지정되면 3년간 종합병원 종별가산율 25%보다 5% 많은 30%의 가산수가를 적용받게 되며, 대신 병의원으로부터 진료의뢰를 받은 환자에 한해서만 건강보험이 적용된다.
건강보험가입자가 종합병원을 외래로 이용하는 경우 진료비의 50%를 부담하지만 외래로 상급종합병원을 이용할 때 진찰료는 환자가 전액 부담한다. 나머지 진료비는 환자가 60%를 부담하고, 건강보험 적용을 위해서는 병의원의 진료의뢰서가 필요하다.
만약 환자가 간암여부를 검사하기 위해 간암표지자 검사(알파피토프로테인-정밀)를 외래(초진)로 받으면 종합병원에서는 1만4천528원을, 상급종합병원은 2만5천320원을 부담하는 식이다.
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