소아청소년과 의사들의 단체인 소아청소년과의사모임(이하 미소모)는 "이번 메르스 사태는 보건복지부의 비전문가들이 얼마나 허술하게 대처하는제 보여주고 있다"며 복지와 보건부 분리를 주장했다.

아울러 "골든타임에 해당하는 시기에 보건복지부는 신속 능동적으로 대처하지 못하고 사태를 통제불능 상태로 만들어 국민을 불안에 떨게 했다"고 지적했다. 이들은 보건복지부의 분리를 위한 서명운동까지 진행하고 있다.

정치권에서도 보건복지부의 분리에 대한 목소리가 커지고 있다.

지난 14일 한 방송에 출연한 국회 메르스대책특별위원회 새누리당 신상진 위원장은 선진국의 예를 들며 "복지와 보건분야를 합쳐서 운영하는 선진국은 별로 없다"며 복지부의 분리안을 주장했다.

현재 국회 보건복지위 야당 간사를 맡고 있는 새누리당 이명수 의원도 "보건복지부에는 전문가가 부족하다"고 꼬집으며 "국민 예방접종과 질병관리 부분들은 매우 취약한 것이 현실"이라고 지적했다.

실제로 국회에서는 보건복지부의 분리안에 대한  내용을 공론화 해 논의할 것으로 알려졌다.

이와 관련 신상진 위원장은 한 언론과의 인터뷰를 통해 "보건복지부의 보건과 복지 분리 또는 복수 차관제를 특위 안으로 공론화 해 논의할 것"이라고 밝혔다.

따라서 보긴복지부의 분리 또는 복수차관제가 이번 기회에 실행될 지 관심이 집중되고 있다.

한편 복지부 복수차관제는 지난해 보건복지부 국감에서도 언급이 있었고 새누리당 이명수 의원과 박인숙 의원이 복수차관제를 골자로 한 정부조직법 개정안을 발의한 바 있다.