[왓처데일리] 그동안 면세대상이었던 임상시험에 대해 국세청과 기획재정부가 부가가치세를 부과하기로 하면서 논란이 거세지고 있다. 이에 보건복지부는 기획재정부와 협의를 통해 문제를 해결하겠다는 입장을 보였지만 쉽지 않아보인다.

국세청은 지난해 일부 대학병원을 상대로 세무조사를 실시하면서 한림대병원 등 3개 학교법인에 임상시험에 대한 부가세 약 130억원을 추징키로 했다. 연구 목적으로 분류돼 비과세로 처리되던 임상시험에 대해 국세청이 수익사업이라 판단해 부가세를 추징한 것이다.

즉 제약회사가 병원에 금액을 지불하고 발주한 임상연구시험은 과세대상이며 개발되지 않은 약이 아닌 개발된 약의 안전성을 확인하는 것은 면세 대상이 아니라는 것이다. 이는 국세청이 제기한 물음에 기재부 유권해석을 내린 것이다.

때문에 임상시험을 시행하고 있는 대부분의 대형병원과 이를 의뢰한 제약업계는 발칵 뒤집혔다.

우선 병원계는 지금까지 임상시험을 하는 기관들은 학술연구용역과 기술개발을 면세대상으로 규정한 부가가치세법 시행령 제42조 및 동법 시행규칙 제32조에 근거하여 부가가치세를 신고하지 않았다고 밝혔다.

특히 대한병원협회 관계자는 “국세청이 과세 추징함으로써 임상시험 수탁기관은 부가가치세를 대납하고 위탁기관으로부터 받아야 하는 실정이지만 이미 계약이 종료된 위탁기관으로부터 부가가치세액을 받는다는 것은 사실상 어려워 분쟁 발생 소지가 있다”며 “더구나 시험건수의 약 50%가 다국가간 계약인만큼 국가간 분쟁의 소지가 있으며 이는 국가 신뢰도에도 악영향을 미칠 수 있다”고 주장했다. 

김윤수 병협회장도 지난 17일 있었던 정기이사회 자리에서 “임상시험 부가세 부과는 끝까지 막겠다”고 밝혔다.

이와 함께 제약협회는 대한병원협회와 한국신약개발조합, 국가임상시험사업단 등과 회의를 갖고 임상시험에 대한 부가세 추징의 부당성을 논의한데 이어 앞으로 적극적으로 대정부, 대언론활동을 펴나가기로 했다.  

제약협회도 보건복지부가 부가세 면제 대상이라고 판단했음에도 불구하고 기재부와 국세청 등 다른 부처에서 조세 정책의 안전성까지 저해해가며 일방적이고 자의적인 결정을 내린 것을 결코 받아들일수 없다며 강력 반발하고 있다.

제약협회 이경호 회장은 “지금까지 임상시험에 대해 시험·학술연구행위로 보고 면제해온 부가세를 돌연 방침을 바꿔 납부하도록 하고 더욱이 5년간 소급적용하겠다는 것은 제약산업의 연구개발 역량을 비롯한 보건의료계의 경쟁력을 크게 저해하는 처사”라고 국세청과 기재부를 비판했다.

병원계와 제약계가 반발하고 있는 가운데 국회에서는 복지부의 역할론에 의문을 제기하며 비판의 목소리가 터져나왔다.

국회 보건복지위 문정림 의원(새누리당)은 보건복지위 전체회의에서 “보건 당국인 복지부는 국세청과 기재부가 부가세를 부과하고 임상시험 부가세에 대해 유권해석을 할때까지 복지부는 무엇을 했냐”며 복지부를 비판했다. 또한 “임상연구가 의료행위인지는 복지부가 판단할 일인데 기재부가 이를 판단하면 복지부의 역할은 무엇이냐”고 추궁했다.

이와 관련 복지부의 입장은 임상시험은 의료행위이기 때문에 부가세 부과는 부당하다며 기재부와 협의하겠다는 입장이다.

실제로 지난 15일 복지부는 기재부와 만나 협의를 했지만 별다른 성과가 없었던 것으로 알려졌다. 복지부는 지속적으로 기재부와 이같은 사안을 협의 한다는 방침이다.

한편 복지부 보건산업정책과 관계자는 "담당자가 자리를 비웠다"며 기재부와의 협의에 대해 구체적인 답변을 피했다.