국회 보건복지위원회 새누리당 김현숙 의원이 국민건강보험공단과 건강보험심사평가원에서 받은 자료에 따르면, 심평원은 2010년 6월‘환자 표본자료’구축 사업을 시작하여 1차적으로 DB 구축에 대한 연구를 마쳤다.

하지만 이 연구는 신뢰도와 타당도를 검증하는 과정에서 관련 학계를 통해 환자표본 추출 분야에서 가장 보편적인 랜덤추출 방식을 사용하지 않고 세계 최초로 층화추출방식을 사용했는데, 이에 대한 근거가 부족하다는 점과 인구학적 변수(성, 연령)를 변수로 사용할 경우 인구학적 요소를 통해 효율성을 비교해야 하는데 이와 상관 없는 총 의료비로 비교하였다는 점 등을 지적받았다는 것이다.

이러한 지적에 따라 심평원은 2013년 지적된 오류를 수정하는 작업을 수행했지만 공단은 심평원과 유사한 ‘코호트DB 구축’사업을 진행하면서 2012년 12월 용역 결과보고서를 내놓았는데, 심평원에서 범한 오류까지 그대로 따라한 것으로 드러났다.

김현숙 의원은 "유사 사업을 무리하게 추진하다보니, 건보공단에서는 심평원의 사업과 조금이라도 차별화를 꾀하기 위해 1년 단위로 표본을 추출, 데이터를 구축하는 심평원의 사업과는 달리 9년 단위로 DB를 구축하는 무리수를 두었다"며 "하지만 이렇게 환자들의 표본에 대한 자료를 1년 단위가 아닌 다년 단위로 구축하게 될 경우, 한 개인의 질병 및 진료 이력을 모두 파악할 수 있게 되는 문제가 발생하기 때문에 개인정보 침해의 위험이 상당히 높아질 수밖에 없다"고 전했다.

실제 이러한 문제가  제기되고 있어, 이렇게 구축되는 자료는 일반 연구자들에게는 제공이 불가능 할 것으로 파악됐다고 말했다.

김 의원은 "9년 단위의 환자 추적 자료를 구축하다보면 필연적으로 발생하는 문제가 표본의 중도 탈락"이라며 "즉 사망·보험자격 상실·자료추적 실패 등으로 9개년 사이에 표본의 상실이 발생할 수 있다"고 전했다. 공단에서는 이에 대한 보완 계획으로, 표본 상실자를 대신해 신생아를 추가하는 방법을 선택했는데 만약 이렇게 표본을 관리한다면, 고연령대는 적어지고, 젊은 층이 증가함으로써 결과적으로 전체 자료의 평균 연령이 낮아져 DB의 대표성에 문제가 발생할 수 있다고 지적했다.

이어 "특히 계속해서 신생아로 DB를 채울 경우 질병에 대한 정보의 정확한 파악이 불가능 하게 되어 결국 자료의 활용도가 극히 낮아질 것으로 예상된다"며 "이번 건보공단의 코호트 DB 구축 사업은 이사장까지 나서 학문적ㆍ의학적 정책자료로서의 활용 가능성이 아주 높다라며 홍보를 했던 사업이었는데, 결국 오류투성이에 유사 기관인 심평원의 DB 구축방안을 그대로 따라하다가 문제점까지 따라한 말 그대로‘총체적 난국’의 사업으로 밝혀졌으며 지금이라도 예산 낭비를 막기 위해서는 사업을 중단해야 한다"고 전했다.