민주당 남윤인순 의원(보건복지위․비례대표)은 17일 국회보건복지위원회의 보건복지부와 질병관리본부에 대한 국정감사 질의에서 "질병관리본부의 2009년 이후 국가연구비 집행실태를 집중적으로 조사한 결과 내부연구에 전액 투입해야 할 내부연구비를 연구와 관련 없는 용도로 무단으로 배분해 집행했으며, 정상 배분된 내부연구비 또한 참여연구자가 아닌 자에게 인건비와 여비 등을 지급하고, 내부연구과제와 직접 관련성이 없는 국내와 학회 참석비로 지급했다"고 주장했다.

이어 "심지어 내부연구비로 배정받은 후 외부연구기관에 하청을 주기도 하고 상품권을 구매하는 데 사용하는 등 주먹구구식으로 집행하는 사례가 적지 않았다"면서 "보건복지부와 감사원은 질병관리본부의 국가연구비 집행실태에 대해 특별감사를 실시하여 책임자를 문책하고, 부당하게 사용한 연구비를 환수해야 하고, 내부연구 감시체계 마련과 연구비 카드제 도입 등 종합적인 개선대책을 수립해야 한다"고 촉구했다.

또한 "질병관리본부의 2009년부터 2012년까지 4년간 R&D 내부연구 지원현황을 보면, 내부과제 편성률이 2009년 43.4%, 2010년 61.0%, 2011년 93.9%, 2012년 100%로 집계됐다"며 "2009년 R&D 예산액은 134억원이고, 시험연구비(과제화)는 87억원인데 내부연구과제는 43.4%인 38억원에 불과하고, 2010년 R&D 예산액은 155억원이고, 시험연구비(과제화)는 79억원인데 내부연구과제는 61.0%인 48억원에 불과해 내부연구에 전액 투입해야 할 내부연구비를 내부과제로 편성하지 않고 연구와 관련 없는 용도로 무단 배분해 집행한 것"이라고 지적했다.

이와 함께 "현행 '국가재정법'은 ‘국가연구기관의 시험연구와 직접적으로 관련되는 경비’로만 집행하도록 ‘연구외 사용금지’를 규정하고 있고, '과학기술기본법'은 ‘연구개발비를 사용용도 외의 용도로 사용한 경우나 부정한 방법으로 연구개발을 수행한 경우 5년 범위에서 국가연구개발사업 참여를 제한할 수 있고 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있다’고 규정하고 있다"며 "현행법을 위반하여 2009년 49억원, 2010년 31억원 등 80억원의 국가연구비가 연구외 용도로 불법적으로 사용됐다면, 어떤 이유와 절차에 따라 연구부서로 배정됐고, 어떤 용도로 집행했는지를 철저히 감사하여 책임자를 문책하고 필요하다면 연구비를 환수해야 한다"고 주장했다.

특히 "2009년～2010년 질병관리본부의 국가연구비 중 80억원 이상을 연구외 용도로 사용한 것에 대해, 제대로 조사와 감사를 실시하지 않고 어물쩡 넘어가서는 안 된다"면서 "2009년 이후 질병관리본부 국가연구비를 누가, 왜, 어떻게 배분했고, 연구비를 배정받은 연구부서가 어디에 어떠한 용도로 지출했는지 모든 과정에 대해 특별감사를 실시하고, 만약 이 과정에서 연구비 배분과 관리를 소홀히 한 직원과 부서장에 대해, 그리고 연구비를 배정받아서 내부연구와 관련 없이 지출을 한 연구직에 대해서는 책임소재를 가려 문책해야 마땅하다"고 밝혔다.

아울러 남윤인순 의원은 이영찬 보건복지부 차관에게 "현재 질병관리본부는 자체 감사조직이 없음을 감안, 보건복지부가 질병관리본부의 국가연구비 집행실태에 대해 특별감사를 실시하고, 그 결과를 국정감사 이전까지 보고해달라"고 촉구했다.