지난 4일 일부 언론에서는 복지부가  혁신형 제약기업 공모·선정 과정에서 리베이트 불법 행위에 대한 평가항목을 마련하지 않았을 뿐 아니라 퇴출기준으로도 설정하지 않았으며 특정 업체들을 봐주기 위한 특혜 행정이라는 의혹을 제기했다.
 
이와 관련 복지부는 인증 심사시 리베이트와 관련하여 “기업의 사회적 책임·윤리성, 경영의 투명성” 심사항목으로 평가(100점중 10점 부과)했으며 인증 발표시 위 심사항목의 평가 외에, 리베이트 적발기업에 대해서는 별도 취소기준을 마련하여 취소하겠다는 입장 표명한 바 있지만 실제로 취소된 곳은 하나도 없었다

이에 복지부는 혁신형제약기업의 요체는 기업의 혁신역량을 평가하는 것이며 리베이트는 보완적 지표로 평가항목의 하나로 반영했다며 행위∼처분 시차로 인증 평가시 대부분 처분이 진행중에 있어 리베이트에 대한 완벽한 평가가 어려운 점이 있으므로 인증 이후 취소기준을 통해 조치하는 것이라 해명했다.

또한 현재 법적 자문 등을 거쳐 취소기준을 마련중에 있다고 밝혔다.

하지만 복지부는 리베이트로 인한 혁신형 제약사에 대해 무수히 많은 논란이 있었음에도 불구하고 여전히 취소 계획을 마련중이라는 답변만 되풀이 하고 있어 논란은 계속될 전망이다.