공단은 그동안 온라인 포털사이트 등에서 대한의사협회 또는 전국의사총연합 소속으로 추정되는 일부 익명의 네티즌들이 공단직원이 게재한 제도 홍보내용에 대해 무차별적인 비방과 차마 입에 담지 못할 욕설 댓글과 함께 소위 공단직원 신상털기, 협박 등이 이어져 왔으나, 포괄수가제 적용확대 취지가 훼손될 우려가 있어 법적 조치 등의 대응을 극도로 자제해 왔다.

그러나 최근까지 의협은 공단직원의 정당한 홍보활동을 조직적 여론조작으로 호도하고 공단과 공단직원에 대한 갖은 모욕과 욕설에 대한 일부 공단직원의 댓글이 의사 전체를 모욕했다며, 직원 7명을 검찰에 고발까지 했다.
 
공단은 “극히 일부이기는 하겠지만, 최고 지성인이라고 자부하는 이들이 차마 입에 담지 못할 욕설과 신상털기로 인터넷 토론방을 도배하고, 온갖 협박을 일삼아 왔다”며 “제도에 대한 홍보 글을 올리면 순식간에 수백 개의 댓글로 글쓴이를 무차별적으로 욕하고, 마구잡이로 신상을 털어 공개까지 해 이를 견디지 못한 여직원은 불면증과 구토 등 정상적인 생활이 어려울 정도로 심한 고통을 받고 있음에도 인내해 왔다”고 전했다.

이어 “그러나 의협이 공단을 상대로 지난 7월 두 차례의 일간지 전면광고와 감사원 공익감사 청구에 이어 8월 17일에는 공단 직원 7명을 검찰에 고발까지 하는 등 그 도가 한계를 넘었다는 판단 하에 부득이하게 엄중한 법적인 조치를 취하게 됐다”고 밝혔다.