한의신문에 따르면 대한의사협회(회장 노환규)가 6일 교육과학기술부가 의학전문대학원의 설치와 입학전형, 교육입문검사 기관 등의 근거를 마련하기 위해 입법예고한 '고등교육법시행령' 개정안에 대해 의전원에서 한의학을 제외해달라는 의견을 전달한 것으로 알려져 논란이 되고 있다.

의협측은 고등교육법 시행령에 의학과 치의학의 전문대학원의 학위과정에 대한 근거는 있지만 한의학전문대학원에 대한 설치와 학위과정 등의 근거는 없기 때문에 현재 부산대에서 운영되고 있는 한의전에 관한 조항을 포함시키는 것은 반대한다고 주장했다.

이에 따라 의협은 전문대학원의 학위과정과 설립목적, 수업연한 등에서 '한의학'의 삭제를 요구했다.

또한 현재 전문대학원에서 의사를 양성하는 교육기간과 교육과정이 의과대학 본과과정과 동일하다며 의과대학을 학석사 통합과정으로 인정하는 법안이 필요하다는 입장도 전달했다.