그동안 보조금이 사업목적에 맞게 집행되었는지 여부를 종합적으로 조사한 바 없고, 일부 기관에서 보조금을 다른 용도로 사용하는 사례가 수사기관에 적발되어 물의를 일으키는 등 점검의 필요성이 대두되었다.

점검 대상기관은 2008년부터 2010년까지 응급의료 인프라가 취약한 지역의 응급의료기관으로 인력‧시설‧장비비를 지원받은 의료기관이다.

점검 내용은 지원받은 보조금을 사업자가 지원목적에 적정하게 사용하였는지 여부, 사업계획의 임의변경 여부 등 기금 사용 전반에 대한 집행실태를 조사하며, 합동점검반은 보건복지부, 중앙응급의료센터, 시․도 공무원으로 구성된다.

주요 점검사항으로는 지원금을 지원목적에 적정하게 사용하였는지 여부,  인건비의 적정 집행 및 응급실 근무여부, 시설 공사의 적정성 및 완공 후 활용여부, 장비 구매의 적정성 및 용도에 맞게 운영, 관리되는지 여부, 승인절차 없이 사업계획의 임의변경 여부, 기타 사업자가 지켜야 할 준수사항 등이다.
  
복지부는 이번 점검에서 적발된 의료기관에 대해서 지원중단 및 보조금 환수 등 행정처분은 물론 향후 정부 보조금 사업대상에서 배제함과 아울러 고의적이고 중대한 위반사항에 대해서는 수사기관에 고발하여 형사 처벌토록 하는 등 강력히 대처할 계획이다. 
 
또한 응급의료기관 집행점검은 기금의 목적외 사용을 억제하는 지속적인 예방효과를 거두기 위해 매년 실시하는 정기점검 방식으로 운영할 계획이며, 응급의료기금을 지원하는 모든 사업으로 확대할 방침이다.

한편 2012년도부터는 국고보조금을 지정된 용도 외에 다른 목적으로 사용하는 등 의무를 이행하지 않을 경우, 정부가 지원한 보조금의 원활한 환수를 위해 보조금지원 대상 사업자로 하여금 의무적으로 이행(지급)보증보험에 가입하도록 하고 있다. 

이에 보건복지부 관계자는 “응급의료기금으로 지원하는 국고 보조금 사업의 지원금을 부당하게 사용하게 되면 응급의료가 꼭 필요한 지역에 지원이 중단되어 그 만큼 국민 건강을 위협하는 요인으로 작용할 것”이라며, 기금의 올바른 사용을 당부하는 한편, “사후관리를 보다 엄격히 관리해 나갈 방침”이라고 강조하였다.